萧河穿越到一个黑洞降临的世界。一场诡异的红色大雨，引发了全球动物的变异，而更可怕的是无数更恐怖的怪兽从黑洞来到水星，西方巨龙、霸王龙、哥斯拉、八歧大蛇、金刚、饕餮······萧河绑定【宝可梦精灵系统】，并把系统上交。从此开启了精灵宝可梦对抗怪兽的热血时代。喷火龙VS西方巨龙、班基拉斯VS哥斯拉、暴飞龙VS霸王龙······创立宝可梦精灵医院、宝可梦精灵繁育基地······萧河成为宝可梦之父！
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